Hậu tố "R" trong tên của Coomassie Brilliant Blue R-250 là tên viết tắt của Red vì màu xanh của thuốc nhuộm có tông màu hơi đỏ. Đối với biến thể "G", màu xanh lam có tông màu xanh lục hơn. "250" ban đầu biểu thị độ tinh khiết của thuốc nhuộm.

Màu của hai thuốc nhuộm phụ thuộc vào độ axit của dung dịch. Dạng "G" của thuốc nhuộm đã được nghiên cứu chi tiết.[5] Ở độ pH nhỏ hơn 0, thuốc nhuộm có màu đỏ với độ hấp thụ cực đại ở bước sóng là 465 nm. Ở độ pH khoảng 1, thuốc nhuộm có màu xanh lá cây với độ hấp thụ tối đa là 620 nm trong khi trên pH 2 thuốc nhuộm có màu xanh sáng với tối đa là 595 nm. Ở pH   7 thuốc nhuộm có hệ số tuyệt chủng là 43.000 M−1 cm−1.[5]

Các màu khác nhau là kết quả của các trạng thái tích điện khác nhau của phân tử thuốc nhuộm. Ở dạng màu đỏ, cả ba nguyên tử nitơ đều mang điện tích dương. Hai nhóm axit sunfonic có p K a cực thấp và thường sẽ được tích điện âm, do đó ở độ pH khoảng 0, thuốc nhuộm sẽ là một cation có tổng điện tích +1. Màu xanh lá cây tương ứng với một dạng thuốc nhuộm không có điện tích tổng thể. Trong môi trường trung tính (pH 7), chỉ có các nguyên tử nitơ của diphenylamine nưa mang một điện tích dương và các phân tử thuốc nhuộm màu xanh là một anion với một khoản phí tổng thể của -1. pKa cho sự mất mát của hai proton lần lượt là 1,15 và 1,82. Các proton cuối cùng bị mất trong điều kiện kiềm và thuốc nhuộm có màu hồng (pKa 12.4).[5]